Eu farei análise de RNA seq de célula única e anotação de tipo celular

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Desenvolvedor de pipeline de bioinformática

Construo pipelines de bioinformática reprodutíveis para análise de dados de NGS, com especialização em expressão diferencial de RNA-seq e genômica de câncer. Projeto recente: pipeline de RNA-seq no c...
Sobre este Serviço

Você tem dados de RNA-seq de célula única que precisam de

análise profissional e identificação de tipo celular?


Vou analisar seu conjunto de dados scRNA-seq usando Seurat

e entregar uma anotação completa de tipos celulares com

visualizações prontas para publicação.


O QUE VOCÊ RECEBE:

- Controle de qualidade e filtragem de células de baixa qualidade

- Normalização e escalonamento

- Redução de dimensionalidade com PCA

- Agrupamento baseado em gráficos

- Visualização UMAP

- Identificação de genes marcadores por cluster

- Anotação de tipos celulares biológicos

- Relatório completo de análise


MINHA EXPERIÊNCIA:

Analisei 2.700 PBMCs humanas identificando 9 populações celulares distintas, incluindo células T, células B, células NK, monócitos, células dendríticas e plaquetas usando Seurat.

Pipeline completo disponível no GitHub.


O QUE PRECISO DE VOCÊ:

- Arquivos de saída do 10X Genomics (barcodes, features, matrix)

 OU matriz de contagem processada

- Nome do organismo (humano, rato, etc.)

- Qualquer informação biológica conhecida sobre sua amostra


FERRAMENTAS: R, Seurat, ggplot2, dplyr, UMAP,

    PCA, Git, Linux


Envie-me uma mensagem antes de fazer o pedido para discutir

sua base de dados. Confirmarei a viabilidade primeiro.

Especialidade:

Classificação

agrupamento

Análise preditiva

Linguagem de programação:

Python

R

Frameworks:

Panda

APIs:

Outros

Ferramentas:

caderno Jupyter

Colab

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