Eu farei análise de RNA seq de célula única e anotação de tipo celular
Desenvolvedor de pipeline de bioinformática
Sobre este Serviço
Você tem dados de RNA-seq de célula única que precisam de
análise profissional e identificação de tipo celular?
Vou analisar seu conjunto de dados scRNA-seq usando Seurat
e entregar uma anotação completa de tipos celulares com
visualizações prontas para publicação.
O QUE VOCÊ RECEBE:
- Controle de qualidade e filtragem de células de baixa qualidade
- Normalização e escalonamento
- Redução de dimensionalidade com PCA
- Agrupamento baseado em gráficos
- Visualização UMAP
- Identificação de genes marcadores por cluster
- Anotação de tipos celulares biológicos
- Relatório completo de análise
MINHA EXPERIÊNCIA:
Analisei 2.700 PBMCs humanas identificando 9 populações celulares distintas, incluindo células T, células B, células NK, monócitos, células dendríticas e plaquetas usando Seurat.
Pipeline completo disponível no GitHub.
O QUE PRECISO DE VOCÊ:
- Arquivos de saída do 10X Genomics (barcodes, features, matrix)
OU matriz de contagem processada
- Nome do organismo (humano, rato, etc.)
- Qualquer informação biológica conhecida sobre sua amostra
FERRAMENTAS: R, Seurat, ggplot2, dplyr, UMAP,
PCA, Git, Linux
Envie-me uma mensagem antes de fazer o pedido para discutir
sua base de dados. Confirmarei a viabilidade primeiro.
Especialidade:
Classificação
•
agrupamento
•
Análise preditiva
Linguagem de programação:
Python
•
R
Frameworks:
Panda
APIs:
Outros
Ferramentas:
caderno Jupyter
•
Colab

