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Vou realizar análise de rnaseq dge e dados transcriptômicos usando r e deseq2
Bioquímico e Analista de Dados de Biologia de Sistemas
Sou um Cientista Biológico e consultor computacional com foco em transcriptômica, interações hospedeiro-patógeno e imunologia molecular. Faço a ponte entre grandes conjuntos de dados de sequenciamento...
Sobre este Serviço
Bem-vindo! Transforme seus dados brutos de sequenciamento em insights biológicos prontos para publicação.
Você é um pesquisador ou startup de biotecnologia sobrecarregado pelos dados de RNA-Seq? Rodar o código é só metade do caminho; entender os mecanismos biológicos por trás dos dados é o que faz os artigos serem publicados e os produtos validados.
Como bioquímico focado em biologia de sistemas e imunologia, ofereço uma análise rigorosa de Differential Gene Expression (DGE). Olho além dos números brutos para ajudar você a identificar os genes chave que estão sendo regulados para cima ou para baixo, impulsionando suas vias biológicas.
O que este serviço oferece (Pipeline de RNA-Seq):
Dependendo das suas necessidades, posso cuidar de tudo, desde as leituras brutas até a análise final das vias. (Por favor, envie uma mensagem antes de pedir para discutir seu projeto experimental e quantidade de amostras!)
- Básico (O "Data Wrangler"): Você fornece os arquivos FASTQ brutos. Eu farei Controle de Qualidade (FastQC), Trimming, Alinhamento (HISAT2/Bowtie2) e Quantificação (featureCounts). Entrega: Uma matriz de contagem bruta limpa e estruturada, pronta para sua análise downstream.
- Padrão (O "DGE & Visualização"): Você fornece a matriz de contagem (ou combina com o pacote Básico).
Tecnologia:
Excel
•
MATLAB
•
RStudio
Especialidade:
Desenho experimental
Linguagem de programação:
Python
•
R
Meu portfólio
Perguntas frequentes
Tradução automática
Preciso fornecer arquivos FASTQ ou uma matriz de contagem?
Posso trabalhar com ambos! Se você tiver arquivos FASTQ brutos, comece com o pacote Básico para obter suas contagens. Se já tiver uma matriz de contagem e só precisar da análise com DESeq2 e os gráficos, o pacote Padrão é exatamente o que você precisa.
Quantas amostras o preço do serviço cobre?
Os preços listados são valores base para projetos piloto de pequeno a médio porte (até 6 amostras, por exemplo, 3 Controle vs. 3 Tratado). Se você tiver uma coorte maior ou múltiplas condições experimentais, envie uma mensagem para uma oferta personalizada.
O que você quer dizer com "Interpretação Biológica" no pacote Premium?
A maioria dos freelancers só entrega uma planilha de Excel com 5.000 genes. Com minha formação em bioquímica e biologia molecular, mapeio esses genes para vias biológicas (KEGG/GO) e forneço um resumo escrito explicando quais processos biológicos (por exemplo, respostas imunológicas específicas ou mudanças metabólicas) estão envolvidos.
Que informações você precisa de mim para começar?
Vou precisar de: 1. Seus dados (arquivos FASTQ ou matriz de contagem). 2. Seu arquivo de Metadados definindo claramente seus grupos de amostras (por exemplo, Wild Type vs. Knockout). 3. O genoma de referência ou arquivo de anotação adequado (GTF/GFF).
