Eu vou analisar trajetórias de dinâmica molecular e contatos proteína-ligante

Eu analiso trajetórias existentes de dinâmica molecular e apresento figuras claras com os dados numéricos por trás delas. Básico cobre um sistema fornecido de até 100 ns: verificações de arquivo correspondente, RMSD da proteína e do ligante, RMSF de resíduos, tabelas CSV editáveis, figuras, scripts de análise e um README registrando opções, referência e janela de tempo. Por favor, forneça a trajetória correspondente, arquivos de topologia e estrutura, uma descrição do sistema e sua pergunta de pesquisa. Persistência de contato, distâncias de bolsos e comparações entre múltiplos sistemas são tratados separadamente. Para uma nova simulação proteína-pequena molécula, envie a proteína ou o ID do gene, espécie e nome do composto ou SMILES. Preparação da estrutura, seleção de parâmetros, piloto de 10 ns e execuções em nuvem mais longas podem ser cotadas separadamente após checar o sistema e as necessidades de computação. Envie uma mensagem antes de pedir para confirmar a compatibilidade dos arquivos e o escopo. Comunicação escrita é bem-vinda. Eu uso codificação com IA assistida e verifico o código e os resultados; me diga suas restrições de tratamento de dados antes de compartilhar os arquivos.