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Vou fazer análise de dge de rna microbial usando deseq2 e snakemake
Pesquisador em Biotecnologia: Genômica Microbiana e Bioinformática
Pesquisador em Biotecnologia & Microbiologia com mais de 4 anos de experiência em genômica computacional.
Meu trabalho é publicado em periódicos revisados por pares (veja minha seção de 'Certificaçõ...
Sobre este Serviço
Bem-vindo! Como Pesquisador de PhD em Biotecnologia & Microbiologia, ofereço análise especializada para dados de RNA-Seq Microbiano.
Não apenas executo códigos; sou um pesquisador publicado que entende a ciência por trás dos seus resultados. Minha especialidade é Expressão Gênica Diferencial (DGE) e identificar os principais genes up/down-regulados para seu estudo.
### O que este serviço oferece (RNA-Seq DGE)
Ofereço três níveis de análise baseados no meu pipeline comprovado (FastQC, HISAT2, featureCounts, DESeq2). (Consulte minha FAQ abaixo sobre contagem de amostras!).
* Básico (Os "Dados"):
Executarei todo o pipeline até Read Counts (Etapa 04). Este pacote é perfeito para pesquisadores que usam R/Python e precisam apenas da Matriz de Contagens final.
* Padrão (A "Análise"):
Este é o análise completa de DGE (Etapa 05). Você recebe tudo do Básico, MAIS todas as visualizações principais: Volcano Plot, PCA Plot e Heatmap.
* Premium (A "Visão de PhD"):
O pacote completo pronto para publicação. Você recebe tudo do Padrão, MAIS: um relatório PDF completo com minha Interpretação Biológica especializada (o "porquê") E o Jupyter Notebook reprodutível usado na sua análise.
**Por favor, entre em contato antes de fazer o pedido para discutir seu projeto.
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Linguagem de programação:
Python
•
R
•
SPSS
Tecnologia:
Jupyter Notebook
Especialidade:
Análise de cluster
Ferramentas:
Pandas
Outros serviços de Data Analytics que eu ofereço
Perguntas frequentes
Tradução automática
Os preços do seu pacote não mencionam o número de amostras. Por quê?
Os preços dos pacotes (30$, 50$, 80$) são uma base para projetos piloto pequenos (por exemplo, 1-3 amostras). Para coortes maiores (4, 6 ou 20+ amostras), envie uma mensagem. Discutiremos seus objetivos e enviarei uma oferta personalizada precisa.
Por que devo escolher o pacote Premium? Qual é o valor?
Premium é meu serviço de "Insight" em nível de PhD. Não ofereço apenas uma lista de genes; forneço um relatório PDF completo com <strong>Interpretação Biológica</strong> (o "<strong>porquê</strong>"). Você também recebe o <strong>script Jupyter reprodutível</strong> para sua publicação.
O que você precisa de mim para começar?
Preciso de 3 coisas: 1. Seus arquivos FASTQ brutos (R1 & R2). 2. O genoma de referência (FASTA) e os arquivos de anotação (GFF/GTF). 3. Seu arquivo de metadados (por exemplo, quais amostras são 'Controle' vs 'Tratado').
