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Eu vou analisar dados de sequenciamento fastq e realizar controle de qualidade de NGS
Engenheiro de Bioinformática e IA
Sou um Engenheiro de Bioinformática e IA/ML especializado em análise de dados biológicos com Python, fluxos de trabalho genômicos e aprendizado de máquina biomédico. Construo pipelines reproduzíveis p...
Sobre este Serviço
Eu vou analisar seus dados de sequenciamento FASTQ e realizar controle de qualidade de NGS usando um fluxo de trabalho de bioinformática reproduzível.
A análise pode incluir:
Contagem de reads e bases
Estatísticas de comprimento de reads
Análise de GC% e N%
Pontuações de qualidade Phred
Métricas Q20 e Q30
Análise de qualidade por posição
Distribuições de GC e comprimento de reads
Comparação entre qualidade bruta e processada
Visualizações de QC e um resumo claro dos resultados
Posso trabalhar com arquivos FASTQ/FASTQ.GZ pareados e fornecer saídas organizadas que sejam fáceis de interpretar e reutilizar.
Este serviço é adequado para projetos de pesquisa, trabalhos acadêmicos, análise de dados genômicos e avaliação preliminar de dados de NGS.
Por favor, envie seus arquivos FASTQ e qualquer informação relevante sobre a amostra antes de fazer o pedido, assim posso confirmar se a análise solicitada se encaixa no pacote escolhido.
Linguagem de programação:
Python
•
SQL
•
Colab
•
NoSQL
Ferramentas:
caderno Jupyter
•
opencv
•
fluxo tensor
•
Excel
Perguntas frequentes
Tradução automática
Que tipo de arquivos de sequenciamento você precisa?
Eu trabalho principalmente com arquivos FASTQ ou FASTQ.GZ. Para sequenciamento pareado, por favor, envie ambos os arquivos R1 e R2. Também forneça qualquer informação disponível sobre a amostra, plataforma de sequenciamento e contexto experimental.
Você analisa dados de FASTQ pareados?
Sim. O serviço suporta dados de FASTQ pareados quando ambos os arquivos, forward (R1) e reverse (R2), são fornecidos. O pacote escolhido determina o número de conjuntos de dados incluídos.
Quais métricas de qualidade você vai analisar?
Dependendo do pacote selecionado, a análise pode incluir contagem de reads e bases, comprimento de reads, GC%, N%, pontuações Phred, Q20/Q30, qualidade por posição, distribuição de GC, distribuição de comprimento de reads e comparações entre bruto e processado.
Você pode fazer trimming de adaptadores e de qualidade?
Sim, quando o pré-processamento está incluído no pacote selecionado. O fluxo de trabalho e os parâmetros específicos de trimming dependerão dos dados de sequenciamento e dos requisitos do projeto.
Vou receber os resultados da análise e as visualizações?
Sim. Os resultados são fornecidos como saídas de análise organizadas, com tabelas relevantes, métricas de qualidade, visualizações e uma interpretação concisa da qualidade de sequenciamento observada.
Você pode analisar meus dados antes de eu fazer um pedido?
Sim. Por favor, entre em contato primeiro com detalhes do seu arquivo FASTQ, tamanho do conjunto de dados, layout de sequenciamento e análise que você precisa. Posso confirmar o pacote adequado e o escopo antes de você fazer o pedido.
Você pode trabalhar com arquivos FASTQ.GZ?
Sim. Arquivos FASTQ compactados (.fastq.gz) são suportados.
Você pode fornecer um fluxo de trabalho de bioinformática personalizado?
Sim, para requisitos fora dos pacotes listados, por favor, entre em contato com seus requisitos de fluxo de trabalho e detalhes do conjunto de dados. Posso discutir um escopo personalizado e fornecer uma oferta adequada.
