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Vou executar simulação de dinâmica molecular com gromacs para sua proteína
Bioinformática e Química Computacional, Design de Vacinas, Simulação MD, DFT
Ajudo estudantes e pesquisadores a obter resultados limpos e defensáveis em design de vacinas, simulação de dinâmica molecular, cálculos de DFT e previsão de estrutura de proteínas — sem a tentativa e...
Sobre este Serviço
Eu realizo simulações completas de dinâmica molecular usando GROMACS em um ambiente Linux, incluindo minimização de energia, equilíbrios NVT/NPT, execução de produção e análise estrutural pós-simulação, com todos os resultados plotados e explicados.
Posso te ajudar com:
- Preparar e minimizar a estrutura do seu proteína (arquivo PDB)
- Executar equilíbrios NVT e NPT com gráficos de temperatura/pressão/densidade
- Rodar uma simulação de produção
- Calcular RMSD (estabilidade estrutural ao longo do tempo)
- Calcular RMSF (flexibilidade por resíduo)
- Calcular raio de gyração (compactação da proteína)
- Entregar um resumo escrito interpretando o que os resultados significam para a estabilidade da sua proteína
Ideal para estudantes que precisam de uma simulação de MD completa com análise estrutural adequada para uma tese, trabalho ou projeto de pesquisa, não apenas a saída bruta, mas uma explicação clara do que ela mostra.
Tecnologia:
Google Analytics
•
Google Data Studio
Tipo de análise:
Análise descritiva
•
Análise preditiva
Especialidade:
Previsão
•
probabilidade
•
Matemática
Linguagem de programação:
Python
Meu portfólio
Perguntas frequentes
Tradução automática
Quais formatos de arquivo preciso fornecer?
Um arquivo PDB da sua estrutura de proteína (ou a sequência bruta, se você ainda não tiver — posso ajudar a gerar uma estrutura primeiro).
Quanto tempo dura a simulação de produção?
As execuções padrão são simulações curtas (adequadas para verificações iniciais de estabilidade). Se você precisar de execuções de produção mais longas (vários nanosegundos), me envie uma mensagem antes de fazer o pedido para que eu possa informar o tempo de entrega e o preço com precisão.
Que software você usa?
GROMACS no Linux, com gráficos de análise gerados usando Grace (xmgrace).
Vou entender os resultados se não estiver familiarizado com simulações de MD?
Sim — todo pacote inclui uma explicação em linguagem simples do que os gráficos e análises significam para a estabilidade da sua proteína, não apenas arquivos brutos.
