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Vou usar IA para encontrar compostos para interação com proteínas
acoplamento molecular, descoberta de medicamentos com IA, modelos 3D
Oi pessoal, sou biólogo computacional e artista 3D.
Uso modelos de API treinados com Python para limpar grandes conjuntos de dados, encontrando os melhores alvos para inibição de proteínas usando a re...
Sobre este Serviço
Preparação do receptor alvo: Recuperação, limpeza e otimização de estruturas de cristal de proteínas diretamente do Protein Data Bank (PDB) (por exemplo, tratamento de resíduos ausentes, carregamento e mapeamento da caixa de grade).
Curadoria e filtragem de biblioteca de ligantes: Busca de bibliotecas de compostos em bancos de dados como ChEMBL ou PubChem, seguida de filtragem rigorosa de propriedades físico-químicas usando Python (RDKit) para garantir a similaridade a drogas (Regra de Lipinski dos Cinco e Critérios de Veber).
Triagem virtual de alto rendimento (HTVS): Configuração de coordenadas precisas do sítio de ligação e execução de triagem de alto rendimento.
Simulações de docking molecular: Docking estrutural completo usando AutoDock Vina para gerar dados conformacionais de múltiplas poses e extrair afinidades de energia livre de Gibbs ($\Delta G$ em kcal/mol) precisas.
Análise de dados e relatórios: Uma análise estatística limpa, pronta para publicação (afinidades mínimo/máximo/média, acompanhamento do desvio padrão) identificando seus candidatos líderes mais avançados.
