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Eu realizarei docking molecular e simulação de MD
Especialista em Bioinformática e Biologia Computacional
Precisa de análise confiável de bioinformática ou computacional para sua pesquisa?
Sou pesquisador de MS em Bioinformática na NUST, atuando em genômica, descoberta de medicamentos computacional e IA ...
Sobre este Serviço
Procurando por uma análise confiável de docking molecular e simulação de dinâmica molecular para sua pesquisa de descoberta de drogas?
Eu ofereço análise completa de descoberta de drogas computacional, desde a preparação de proteínas e ligantes até docking molecular, análise de interação proteína-ligante e simulação de dinâmica molecular com GROMACS.
MEUS SERVIÇOS INCLUEM
- Preparação de proteínas e ligantes
- Docking molecular proteína-ligante
- Docking usando AutoDock Vina e ferramentas relacionadas
- Análise de afinidade de ligação e pontuação de docking
- Avaliação do pose de docking
- Análise de interação proteína-ligante em 2D e 3D
- Análise de sítio de ligação e resíduos interagentes
- Triagem virtual de bibliotecas de compostos
- Classificação comparativa de ligantes
- Análise de potencial de droga
- Previsão de ADMET e toxicidade
- Simulação de dinâmica molecular usando GROMACS
- Análise RMSD
- Análise RMSF
- Raio de giração (Rg)
- Análise SASA
- Análise de ligações de hidrogênio
- PCA e análise de trajetória quando necessário
- Análise de energia livre de ligação MM-PBSA quando aplicável
- Figuras de qualidade de publicação e tabelas de resultados
FERRAMENTAS
GROMACS | AutoDock Vina | PyMOL | Chimera/ChimeraX | Discovery Studio | SwissADME | Python | ferramentas relacionadas de descoberta de drogas computacional
Tipo de serviço:
Pesquisa
Idioma:
Inglês
Preferência de estilo de entrega
Informe o freelancer sobre suas preferências ou preocupações em relação ao uso de ferramentas de IA na conclusão e/ou entrega de seu pedido.
É antiético que alguém faça trabalhos acadêmicos por você, pois isso viola os códigos de honra da maioria das escolas.
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Perguntas frequentes
Tradução automática
Que informações você precisa para começar o docking molecular?
Por favor, forneça a estrutura da proteína alvo ou ID PDB, estruturas de ligantes ou nomes/IDs de compostos, seu objetivo de pesquisa e o sítio de ligação esperado, se conhecido. Se o sítio de ligação não for conhecido, mencione isso antes de fazer o pedido para que o fluxo de trabalho adequado possa ser discutido.
Qual software você usa para docking molecular?
Dependendo do projeto, posso usar AutoDock Vina e ferramentas de preparação de proteína e ligantes associadas. PyMOL, Chimera/ChimeraX, Discovery Studio e softwares relacionados podem ser usados para visualização molecular e análise de interação.
Você realiza simulações de dinâmica molecular?
Sim. Realizo simulações de dinâmica molecular com GROMACS, incluindo análises como RMSD, RMSF, raio de giração, SASA e ligações de hidrogênio. Análises adicionais de trajetória podem ser incluídas dependendo do objetivo da pesquisa.
Você pode realizar simulações de 50 ns ou 100 ns de MD?
Sim. As simulações de MD podem ser feitas por diferentes durações, dependendo do sistema molecular e do objetivo do estudo. Por favor, entre em contato antes de solicitar simulações mais longas, como 100 ns ou mais, para que os requisitos computacionais possam ser avaliados.
Você realiza análise de energia livre de ligação MM-PBSA?
Sim. A análise de energia livre de ligação MM-PBSA ou relacionada pode ser incluída quando apropriado para o sistema molecular e fluxo de trabalho da simulação.
Você pode realizar triagem virtual?
Sim. Posso realizar triagem virtual contra uma proteína alvo. Grandes bibliotecas de compostos devem ser discutidas antes de fazer o pedido, pois os preços e a entrega dependem do número de compostos, alvos e análises subsequentes necessárias.
