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Executarei simulações de dinâmica molecular aceleradas por GPU para você
Seu especialista em Biologia Computacional para todas as suas necessidades de pesquisa
Olá e bem-vindo!
Sou pós-graduada em Biotecnologia com especialização em Biologia Computacional. Minha experiência inclui docking molecular, simulações de MD, transcriptômica, descoberta de biomarcad...
Sobre este Serviço
Bem-vindo ao meu serviço de simulação de dinâmica molecular!
Eu realizo simulações de MD aceleradas por GPU para pesquisadores, estudantes e equipes de biotecnologia que precisam de dados confiáveis sem acesso a infraestrutura de computação de alto desempenho.
O que eu ofereço:
- Pipeline completo de simulação: Desde entrada bruta em PDB ou SMILES, cuido da preparação do sistema, solvatação, ionização, minimização de energia, equilíbrios NVT/NPT e execuções de MD de produção.
- Softwares & forcefields: GROMACS e AMBER, com CHARMM36m, AMBER ff19SB, GROMOS e OPLS-AA. Sistemas de proteína, ácido nucleico, RNA/proteína, membrana e ligantes todos tratados.
- Análise pós-simulação: RMSD, RMSF, Rg, ligações de hidrogênio, PCA, MM/PBSA, MM/GBSA e mais, dependendo do seu pacote.
- Figuras prontas para publicação: Gráficos de alta resolução e visualizações moleculares usando PyMOL, VMD e R/ggplot2.
- Complementos personalizados: Simulações coarse-grained (CG) e análise QM/MM (ORCA-GROMACS) disponíveis mediante solicitação.
Envie uma mensagem antes de fazer o pedido se você tiver um sistema grande ou requisitos específicos de simulação. Estou feliz em colaborar. Vamos trabalhar juntos para avançar sua pesquisa!
Perguntas frequentes
Tradução automática
Quais arquivos de entrada preciso fornecer?
Um arquivo de estrutura de proteína (PDB ou mmCIF) e, se aplicável, seu ligante em formato SDF, MOL2 ou SMILES. Se você tiver apenas um ID UniProt ou código PDB, posso buscar e preparar a estrutura eu mesmo.
Quais softwares e forcefields você usa?
GROMACS e AMBER. Forcefields: CHARMM36m, AMBER ff19SB, GROMOS96 e OPLS-AA. Modelos de água: TIP3P e SPC/E. Se você tiver uma necessidade específica, mencione antes de fazer o pedido.
Que tipos de sistema você consegue simular?
Complexos proteína-ligante, proteína-proteína, RNA/DNA-proteína, proteínas de membrana e sistemas de ácido nucleico isolados. Para sistemas incomuns, envie uma mensagem primeiro para confirmar a viabilidade.
Quanto tempo minha simulação vai levar?
Depende do tamanho do sistema e do tempo de simulação. Uma execução de 100ns normalmente leva de 2 a 3 dias, 300ns de 4 a 5 dias e mais de 500ns em 7 dias.
Qual infraestrutura de computação você usa para as simulações?
Eu executo simulações em servidores de GPU de alto desempenho, incluindo nós RTX 4090 e RTX 5090. Em um 5090, um sistema com mais de 100 mil átomos roda aproximadamente 250-300ns por dia, garantindo rapidez sem comprometer a qualidade da simulação.
Você consegue fazer simulações coarse-grained ou QM/MM?
Sim, ambos estão disponíveis como complementos personalizados. Simulações CG usam o forcefield MARTINI. QM/MM é realizado via ORCA acoplado ao GROMACS. Envie uma mensagem para discutir escopo e preço antes de fazer o pedido.
Meus dados são confidenciais?
Sim. Não compartilho estruturas, sequências ou resultados de clientes com ninguém, e estou disposto a assinar um NDA se necessário.
