Eu farei docking e simulação avançada de dinâmica molecular

Você busca serviços de Simulação de Dinâmica Molecular (DM) e Acoplamento Molecular de nível especializado para seu projeto de pesquisa, publicação ou descoberta de fármacos? Você está no lugar certo!

Com vasta experiência em biologia computacional e química, ofereço simulações de dinâmica molecular abrangentes e análises avançadas utilizando ferramentas padrão do setor, como GROMACS, AMBER, BIO3D e outras.

Serviços que ofereço:

Acoplamento molecular:

• acoplamento proteína-ligante
• Análise de pontuação de ancoragem
• Visualização da pose de ligação

Simulação de Dinâmica Molecular (MDS): (Proteína-Ligante, Proteína-Proteína, Proteína-DNA/RNA)

• Pipeline completo de MD
• Simulações de até 2000 ns ou mais usando GROMACS

Análise pós-MD:

• RMSD
• RMSF
• Rg
• SASA e SASA enterrado
• Ligação de hidrogênio
• Distância proteína-ligante
• Análise de estrutura secundária
• Análise de Componentes Principais (com Bio3D)
• FEL (Paisagem de Energia Livre)
• DCCM
• tramas de porco-espinho
• Redes de movimento 3D correlacionadas e anticorrelacionadas
• MMGBSA e MMPBSA
• Análise de energia de decomposição por resíduo
• Vídeo MDS

Ferramentas e software utilizados:

GROMACS | AMBER | BIO3D | VMD | PyMOL | UCSF Chimera | AutoDock | MMGBSA/MMPBSA | MDAnalysis | Schrödinger | PyRx | BIOVIA Discovery Studio | XMGrace