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Eu farei simulações de MD, docking molecular e análise de dados
Pesquisador de pós-doutorado
Oi, eu sou Mueed, Biólogo Computacional/Bioinformata com mais de 4 anos de experiência pós-doutoral em Design de Drogas Assistido por Computador (CADD), triagem virtual com IA, docking e simulação. Te...
Sobre este Serviço
Posso te ajudar com:
Docking molecular e análise de interação proteína-ligante
Análise pós-simulação incluindo RMSD, RMSF, PCA e análise de interação
Modelos de Estado de Markov, redes de correlação e análise baseada em gráficos
Descoberta de medicamentos computacional e design molecular de novo
Análise de dados científicos usando Python, R e MATLAB
Interpretação e visualização dos resultados computacionais
Revisão e otimização de workflows de modelagem molecular
Forneço análises cuidadosas, reprodutíveis, com interpretação científica clara e resultados prontos para apresentação.
Domínio:
Machine learning
Especialidade:
Feature learning
•
Análise preditiva
Linguagem de programação:
Python
•
R
•
MATLAB
Ferramentas:
fluxo tensor
•
Excel
Tecnologia:
Python
•
PyTorch
•
scikit-learn
•
MATLAB
•
Pandas
•
RStudio
Meu portfólio
Perguntas frequentes
Tradução automática
Quais informações você precisa antes de iniciar o projeto?
Por favor, forneça uma descrição breve do seu projeto, o tipo de análise necessária, arquivos/dados disponíveis, preferências de software, se houver, e seus entregáveis esperados. Para projetos de docking ou MD, envie também estruturas de proteína/ligante e quaisquer arquivos de simulação ou docking existentes.
Você consegue analisar trajetórias de MD existentes ou resultados de docking?
Sim. Posso analisar trajetórias fornecidas, poses de docking, perfis de interação e dados relacionados, incluindo RMSD, RMSF, PCA, interações proteína-ligante, análise conformacional e visualização científica.
Você realiza simulações de dinâmica molecular do zero?
Sim, mas dependendo dos recursos computacionais. Por favor, entre em contato antes de solicitar uma simulação completa de MD para que eu possa confirmar o escopo, prazo e custo.
Com qual software de modelagem molecular você trabalha?
Tenho experiência com AMBER e GROMACS para simulações de dinâmica molecular, além de docking molecular, PyMOL, RDKit, Python, R, MATLAB, Shell (scripting) e ferramentas relacionadas de biologia computacional.
Você consegue trabalhar com múltiplos ligantes ou complexos proteína-ligante?
Sim, mas a carga de trabalho depende do número de sistemas e do tipo de análise requerida. Por favor, entre em contato primeiro para projetos envolvendo múltiplos ligantes, docking em grande escala ou várias trajetórias de MD.
Você fornecerá figuras e interpretação dos resultados?
Sim. Dependendo do pacote escolhido, posso fornecer interpretação científica clara, figuras de qualidade para publicação ou apresentação, e um resumo conciso dos principais resultados.
Você pode ajudar a revisar ou solucionar problemas no meu workflow computacional?
Sim. Posso revisar workflows de docking molecular, simulação de MD ou biologia computacional, identificar problemas metodológicos, recomendar ferramentas e parâmetros adequados, e ajudar a melhorar a reprodutibilidade.
Meus dados e resultados não publicados permanecerão confidenciais?
Sim. Dados do cliente, resultados não publicados, estruturas e informações do projeto serão tratados como confidenciais e usados apenas para concluir o trabalho acordado.
