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Farei docking molecular, triagem virtual e simulação MD
Analista de Dados de Omics Bioinformático
Oi, eu sou Maghooz Khan, um bioinformata profissional e desenvolvedor de IA. Trabalho com genômica, metagenômica, RNA-Seq, epigenética, metilação, análise de CNV e projetos de bioinformática baseados ...
Sobre este Serviço
Precisa de docking molecular, triagem virtual, simulação MD ou análise de interação proteína-ligante para sua pesquisa?
Vou ajudar você a estudar interações entre ligantes e proteínas usando fluxos de trabalho confiáveis de descoberta de drogas computacional.
Serviços incluem:
- Preparação de ligantes/proteínas
- Docking molecular e triagem virtual
- Análise de pontuação de docking e pose de ligação
- Diagramas de interação 2D/3D
- Configuração/análise de simulação de dinâmica molecular
- Interpretação de RMSD, RMSF, Rg, SASA, ligações de hidrogênio e MM/PBSA
- Relatório científico, tabelas e figuras prontas para publicação
As ferramentas podem incluir AutoDock Vina, PyRx, Chimera/ChimeraX, Discovery Studio, GROMACS, VMD, Pymol e ferramentas relacionadas dependendo do seu projeto.
Por favor, envie uma mensagem antes de fazer o pedido para que eu possa verificar sua proteína, ligantes, número de compostos, duração da simulação, cronograma e entregáveis esperados.
Perguntas frequentes
Tradução automática
Quais informações você precisa antes de iniciar o projeto?
Preciso da estrutura da proteína alvo ou ID PDB, estruturas de ligantes ou IDs do PubChem, número de compostos, ferramentas de docking/MD necessárias, objetivo do projeto e entregáveis esperados como relatório, figuras, tabelas ou resultados estilo manuscrito.
Você consegue trabalhar se eu só tiver nomes de ligantes ou IDs do PubChem?
Sim. Posso obter estruturas de ligantes do PubChem ou outros bancos de dados públicos, prepará-los e usá-los para docking ou triagem virtual. Para compostos personalizados ou não publicados, envie arquivos SDF, MOL, MOL2, PDB ou SMILES.
Que tipo de análise de docking será incluída?
Dependendo do pacote, posso fornecer pontuações de docking, melhores poses de ligação, tabelas de ligantes classificados, diagramas de interação 2D/3D, ligações de hidrogênio, interações hidrofóbicas, discussão sobre interação no sítio ativo e interpretação científica.
Você fornece figuras e tabelas prontas para publicação?
Sim. Posso preparar figuras e tabelas limpas para uso em tese, manuscrito, apresentação ou relatório, incluindo imagens de interação de docking, tabelas de afinidade de ligação, figuras de comparação de poses e gráficos de análise de MD, quando aplicável.
Você consegue seguir um artigo de pesquisa ou protocolo específico?
Sim. Se você tiver um artigo de referência, protocolo ou requisito de revista, compartilhe antes de fazer o pedido. Posso ajustar o fluxo de trabalho para combinar as ferramentas, parâmetros, grade de docking, ligantes, etapas de preparação da proteína ou estilo de análise necessários, sempre que possível.
Que análises de simulação MD você pode fornecer?
Para projetos de MD, posso fornecer análises como RMSD, RMSF, raio de gyration, SASA, ligações de hidrogênio, termos de energia, análise de distância, visualização de trajetórias e interpretação da estabilidade do complexo, dependendo do pacote e do escopo do projeto.
Você consegue fazer docking proteína-proteína ou só proteína-ligante?
Posso suportar tanto docking proteína-ligante quanto proteína-proteína, dependendo do projeto. Por favor, envie as estruturas das proteínas, a interação alvo e a análise esperada para que eu possa confirmar o melhor fluxo de trabalho antes de começar.
Por que enviar mensagem antes de pedir?
Cada projeto varia em tamanho de proteína, quantidade de ligantes, ferramentas, duração da MD e necessidades do relatório, portanto, o escopo deve ser verificado primeiro.
