Eu vou executar simulação de dinâmica molecular GROMACS e analisar sua proteína

Precisa de uma simulação de dinâmica molecular, mas está travado na configuração, erros ou análise? Sou pesquisador de biotecnologia com experiência prática em GROMACS, e vou levar sua proteína do arquivo PDB até gráficos prontos para publicação.

O que você recebe:

• Preparação completa do sistema (campo de força CHARMM36, água TIP3P explícita, neutralização com íons)
• Minimização de energia, equilíbrios NVT e NPT, MD de produção
• Limpeza da trajetória (correção PBC, ajuste)
• Análise: RMSD, RMSF, raio de giração, ligações de hidrogênio, SASA, estrutura secundária e PCA (dependendo do pacote)
• Gráficos limpos e rotulados (PNG, alta resolução) mais os arquivos de dados brutos
• Um resumo curto dos métodos que você pode adaptar para seu próprio relatório

Por favor, note: Eu forneço a simulação e análise. A interpretação e a redação da sua pesquisa permanecem suas. O tempo de simulação e o tamanho do sistema dependem dos limites de computação, então envie uma mensagem primeiro com seu ID ou arquivo PDB e eu confirmarei a viabilidade.

Não tem certeza de qual pacote se encaixa? Envie uma mensagem e eu recomendarei um.