Eu farei a condução de docking molecular e simulação MD com GROMACS

Sou estudante de mestrado do segundo ano, major em Medicina Chinesa na Northwest University, sob orientação do Professor Wang Yonghua, fundador do banco de dados TCMSP. Com 2 anos de experiência em pesquisa de laboratório e 1,5 anos de serviço acadêmico freelance, já completei mais de 600 projetos de simulação molecular para teses de graduação e publicação em periódicos.

Ofereço serviços completos de farmacologia computacional abrangendo três módulos principais:

1. Docking molecular: AutoDock Vina/4 para docking de proteína e ligante, pré-tratamento de ligantes e proteínas, classificação de afinidade de ligação, diagramas de interação 2D e visualização 3D no PyMOL.
2. Simulação MD com GROMACS: simulação de trajetória de 100ns para sistemas de proteína-ligante, peptídeo e proteína-proteína, com análise completa de RMSD, RMSF, Rg, SASA e ligações de hidrogênio.
3. Energia livre de ligação MM/PBSA: decomposição de energia por resíduo, extração de snapshots de conformação e avaliação quantitativa da capacidade de ligação.

Todos os pacotes entregam arquivos de parâmetros brutos, figuras vetoriais de alta resolução editáveis, tabelas de dados organizadas e guias passo a passo de operação. Ofereço consulta ilimitada por texto e uma rodada gratuita de revisão de figuras para cada pedido. Arquivos completos de trajetória MD estão disponíveis para compra adicional.