Executarei qualquer simulação de dinâmica molecular GROMACS e análise de trajetória

Precisa de simulações de Dinâmica Molecular (MD) de nível de publicação no GROMACS? Eu configuro, executo e analiso sistemas biomoleculares usando clusters HPC acelerados por GPU.

SISTEMAS ABORDADOS:

- Complexos proteína-ligante (pequenas moléculas, compostos naturais)

- Apo-proteínas & Estabilidade comparativa entre tipo selvagem e mutante

- Complexos proteína-proteína e peptídeo-receptor

- Proteínas de membrana (inserção em bicamada lipídica & solvatação)

- Interações nanopartícula-biomolécula

FLUXO DE TRABALHO & CAMPOS DE FORÇA:

- Parametrização via CHARMM36m/CGenFF, AMBER/GAFF2 e OPLS-AA

- Execuções de produção aceleradas por GPU gerenciadas em ambientes Linux/SLURM

- Solvatização, neutralização, minimização, equilíbrios NVT/NPT

ANÁLISE DE TRAJETÓRIAS & ENTREGAS:

- Métricas estruturais: RMSD, RMSF, Raio de Giro (Rg) e SASA

- Dinâmica de interação: ligações de hidrogênio, mapas de contato e PCA

- Entregas: coordenadas (.gro/.pdb), trajetória limpa (.xtc), arquivos brutos .xvg, gráficos de vetor para publicação (300 DPI) e relatório de métodos.

Por favor, envie uma mensagem com seu PDB ID, detalhes do sistema e duração da simulação antes de fazer o pedido!