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Eu vou analisar dados de ngs e construir pipelines de bioinformática reproduzíveis
Faço os dados revelarem ideias
Sou um engenheiro de Machine Learning experiente, com especialização em bioinformática. Tenho foco em desenvolver e implantar modelos baseados em dados genômicos, além de realizar análises bioinformát...
Sobre este Serviço
Precisa de uma análise confiável dos seus dados de sequenciamento NGS ou de um fluxo de trabalho de bioinformática reproduzível?
Eu ofereço análise completa de bioinformática e dados de NGS, desde os dados brutos de sequenciamento até resultados claros e interpretáveis. Também posso desenvolver pipelines reutilizáveis e containerizados para laboratórios de pesquisa, cientistas e projetos de biotecnologia.
Inclui análise de NGS:
- RNA-seq em massa e expressão diferencial de genes
- WGS, WES e sequenciamento de DNA direcionado
- Chamada de variantes, filtragem e anotação
- Análise de 16S rRNA e microbioma
- Processamento de FASTQ, BAM e VCF
- Controle de qualidade com FastQC e MultiQC
- Análise estatística e visualização de dados
- Análise funcional e de vias
Desenvolvimento de pipeline reproduzível:
- Fluxos de trabalho Nextflow ou Snakemake
- Suporte a Docker e Singularity/Apptainer
- Ambientes Conda/Bioconda
- Pipelines modulares e configuráveis
- Design de fluxo de trabalho pronto para HPC/nuvem
- Testes e documentação
Eu trabalho com Python, R e Bash e ferramentas de bioinformática comuns como GATK, BWA, STAR, Salmon, DESeq2, Bioconductor e QIIME2.
Você recebe resultados documentados, visualizações, código e uma análise reprodutível adaptada à sua questão de pesquisa.
Por favor, entre em contato comigo antes de fazer o pedido para discutir seus dados, o desenho do estudo e
Perguntas frequentes
Tradução automática
Que tipos de dados de NGS você consegue analisar?
Posso analisar dados de RNA-seq em massa, WGS, WES, sequenciamento de DNA direcionado e dados de 16S rRNA/microbioma. Dependendo do seu projeto, posso trabalhar com FASTQ, BAM, VCF, matrizes de contagem e outros formatos padrão de bioinformática.
Você consegue analisar arquivos brutos FASTQ do começo ao fim?
Sim. Posso realizar análise de NGS de ponta a ponta, incluindo controle de qualidade, pré-processamento, alinhamento ou quantificação, análise estatística, visualização e interpretação downstream, dependendo do tipo de sequenciamento e da questão de pesquisa.
Você fornece análise de expressão diferencial de RNA-seq?
Sim. A análise de RNA-seq em massa pode incluir QC, alinhamento ou quantificação de transcriptos, geração de contagens, expressão diferencial com ferramentas como DESeq2, PCA, heatmaps, volcano plots e análise funcional ou de vias.
Você consegue analisar dados de WGS e WES?
Sim. Projetos de WGS, WES e DNA direcionado podem incluir controle de qualidade de FASTQ, alinhamento, processamento de BAM, chamada de variantes, filtragem e anotação de variantes. Este serviço é destinado a pesquisa e bioinformática, não para diagnóstico médico.
Você consegue construir um pipeline de bioinformática reutilizável?
Sim. Posso desenvolver pipelines de NGS reproduzíveis usando Nextflow ou Snakemake, com entradas configuráveis, etapas modulares, documentação e gerenciamento de dependências, para que a análise possa ser executada novamente em futuros conjuntos de dados.
Seus pipelines suportam Docker e Singularity/Apptainer?
Sim. Os pipelines podem ser containerizados usando Docker e configurados para Singularity/Apptainer, tornando-os adequados para execução reprodutível em sistemas locais, servidores e ambientes HPC compatíveis.
Que resultados vou receber?
Dependendo do seu projeto, as entregas podem incluir relatórios de QC, dados processados, resultados estatísticos, tabelas, figuras, variantes anotadas, resultados de expressão diferencial, análise de vias, scripts, documentação e código fonte do pipeline.
