Vou fornecer serviços de docking e simulação de MD

Sim, tenho mais de 5 anos de experiência profissional em bioinformática, trabalhando com sucesso em docking molecular, simulações de dinâmica molecular e projetos avançados de pesquisa computacional para clientes internacionais.

Sim, trabalho com dados de sequência. Dependendo das necessidades do cliente, posso prever candidatos a alvos para fármacos, e a triagem virtual de drogas também é uma opção.

Não, não é o mesmo para todos os projetos, depende do projeto e de sua extensão.

Preciso da estrutura da proteína (ID PDB ou arquivo), estrutura do ligante/peptídeo e objetivos claros do projeto.

Eu uso ferramentas padrão da indústria como AutoDock Vina, Schrödinger, MOE, GROMACS, DESMOND, HADDOCK e outras plataformas computacionais confiáveis.

Normalmente de 50 a 500 ns, dependendo dos requisitos do projeto. Simulações mais longas podem ser agendadas se necessário.

Sim, forneço uma interpretação científica clara para te ajudar a entender se seu complexo é estável e promissor.

Sim, as análises e relatórios são preparados de acordo com os padrões acadêmicos e de pesquisa.

RMSD, RMSF, raio de giração, análise de ligações de hidrogênio, SASA, estabilidade de interação e energia de ligação livre (MM-PBSA/MM-GBSA), PCA, DCCM, FEL, análise de clusters e muito mais.

Sim, posso fazer screening de múltiplos compostos e classificá-los com base na afinidade de ligação e na qualidade da interação.