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Eu farei análise de docking molecular e interação proteína-ligante
Bioinformata e Biólogo Computacional
Sou bioinformata e biólogo computacional com experiência prática em desenvolvimento de pipeline de NGS, anotação de variantes somáticas e aprendizado de máquina aplicado usando ESM-2 e XGBoost. Especi...
Sobre este Serviço
Você está procurando serviços precisos de docking molecular e descoberta de drogas computacional para sua pesquisa ou publicação? Eu ofereço triagem virtual baseada em estrutura, cálculos de afinidade de ligação e perfil de interação 2D/3D de forma profissional.
Serviços oferecidos neste gig:
- Preparação do alvo: limpeza do PDB, remoção de água/heteroátomos e atribuição do estado de prótonação.
- Preparação do ligante: otimização da estrutura, geração de conformadores 3D e minimização de energia.
- Docking molecular: otimização da grid-box e cálculo do pose de ligação usando AutoDock Vina.
- Análise de interação: mapeamento de interação de alta resolução em 2D (LigPlot+) e 3D (PyMOL) mostrando ligações de hidrogênio e contatos hidrofóbicos.
- Drug-likeness: avaliação de ADME-Tox e da Regra de 5 de Lipinski usando SwissADME.
Por que escolher meu serviço?
- Forte base em Bioinformática e Biologia Computacional
- Figuras de alta resolução prontas para publicação (300+ DPI)
- Dados brutos completos fornecidos (.pdbqt, logs, poses de saída)
- Resposta rápida e comunicação eficiente
Por favor, envie uma mensagem com o ID do PDB do seu alvo e as estruturas do ligante (SMILES/SDF/PDB) para discutirmos seu projeto antes de fazer o pedido.
Perguntas frequentes
Tradução automática
Quais arquivos ou dados preciso fornecer para começar?
Você só precisa fornecer o ID do PDB do proteína alvo (ou arquivo de estrutura) e as estruturas do seu ligante (SMILES, CID do PubChem, SDF ou formato PDB).
Quais ferramentas de docking e visualização você usa?
Eu uso principalmente AutoDock Vina para docking molecular, PyMOL e Discovery Studio para diagramas de interação 3D, e LigPlot+ / SwissADME para mapas 2D e drug-likeness.
Você fornecerá os arquivos de saída brutos e de configuração?
Sim, cada pacote inclui todos os arquivos de saída brutos (.pdbqt, logs de docking, afinidades de ligação e poses de saída).
Você consegue fazer triagens em lote personalizadas para múltiplos compostos?
Sim. Se você tiver uma biblioteca de compostos personalizada (de 10 a mais de 500 moléculas), envie uma mensagem diretamente e eu enviarei uma oferta personalizada sob medida.
