Eu vou fazer análise de bioinformática de RNA seq, metagenômica e microbioma 16s
Engenheiro de aprendizado de máquina
Sobre este Serviço
Você tem os arquivos FASTQ. O que precisa é de alguém que possa transformá-los em resultados que seu PI e revisores vão aceitar.
Eu analiso dados de sequenciamento para pesquisadores e equipes de biotecnologia, e também publico meus próprios trabalhos. Meu trabalho em microbioma e neurofarmacologia já foi publicado em periódicos revisados por pares, então escrevo resultados do jeito que os revisores esperam ler.
O que eu faço:
Amplicon 16S e ITS: QIIME2 ou DADA2, diversidade alfa e beta, taxonomia, abundância diferencial
RNA-seq em massa: alinhamento, DESeq2 ou edgeR, enriquecimento GO e KEGG
Metagenômica shotgun: MetaPhlAn, recuperação de MAG, perfil funcional
Células únicas: clusterização com Seurat, genes marcadores, UMAP
Variantes: melhores práticas com GATK, GWAS
Você recebe gráficos de volcano, heatmaps, figuras de PCoA e UMAP em 300 DPI, estatísticas feitas corretamente com correção para testes múltiplos, código documentado que você pode rerun, e um parágrafo de métodos escrito para seu manuscrito.
Eu trabalho com FASTQ, BAM, VCF, matrizes de contagem, ou uma entrada do GEO ou SRA, de Illumina, Nanopore ou PacBio.
Envie uma mensagem com sua questão de pesquisa e quantidade de amostras, e eu te direi honestamente o que seus dados podem suportar antes de você fazer o pedido.
Linguagem de programação:
Python
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R
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Colab
Frameworks:
Scikit-learn
•
DeepPy
•
keras
•
PyTorch
•
Panda
Ferramentas:
caderno Jupyter
•
opencv
•
Colab
•
RStudio

