Eu vou fazer análise de bioinformática de RNA seq, metagenômica e microbioma 16s

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Afeganistão

Eu falo Inglês, Árabe, Sueco, Urdu

27 pedidos finalizados

Engenheiro de aprendizado de máquina

Oi, eu sou Emal, engenheiro de ML e cientista de dados especializado em IA, NLP, visão computacional e bioinformática. Transformo dados brutos em resultados reais usando Python, TensorFlow, PyTorch, G...
Sobre este Serviço

Você tem os arquivos FASTQ. O que precisa é de alguém que possa transformá-los em resultados que seu PI e revisores vão aceitar.

Eu analiso dados de sequenciamento para pesquisadores e equipes de biotecnologia, e também publico meus próprios trabalhos. Meu trabalho em microbioma e neurofarmacologia já foi publicado em periódicos revisados por pares, então escrevo resultados do jeito que os revisores esperam ler.

O que eu faço:

Amplicon 16S e ITS: QIIME2 ou DADA2, diversidade alfa e beta, taxonomia, abundância diferencial

RNA-seq em massa: alinhamento, DESeq2 ou edgeR, enriquecimento GO e KEGG

Metagenômica shotgun: MetaPhlAn, recuperação de MAG, perfil funcional

Células únicas: clusterização com Seurat, genes marcadores, UMAP

Variantes: melhores práticas com GATK, GWAS

Você recebe gráficos de volcano, heatmaps, figuras de PCoA e UMAP em 300 DPI, estatísticas feitas corretamente com correção para testes múltiplos, código documentado que você pode rerun, e um parágrafo de métodos escrito para seu manuscrito.

Eu trabalho com FASTQ, BAM, VCF, matrizes de contagem, ou uma entrada do GEO ou SRA, de Illumina, Nanopore ou PacBio.

Envie uma mensagem com sua questão de pesquisa e quantidade de amostras, e eu te direi honestamente o que seus dados podem suportar antes de você fazer o pedido.

Especialidade:

Feature learning

Classificação

agrupamento

Linguagem de programação:

Python

R

Colab

Frameworks:

Scikit-learn

DeepPy

keras

PyTorch

Panda

Ferramentas:

caderno Jupyter

opencv

Colab

RStudio