Farei modelagem de proteínas para docking e dinâmica

Selecionar e preparar a estrutura 3D da proteína alvo é fundamental para um experimento de docking molecular e/ou simulação de dinâmica molecular bem-sucedido.

Posso oferecer os seguintes serviços:

1. Selecionar proteína(s) alvo através de pesquisa na literatura.
2. Refinar a estrutura 3D (quando um arquivo pdb ou ID PDB for fornecido)
3. Modelagem por homologia Swiss-Model a partir da sequência FASTA ou ID UniProt
4. Modelagem por homologia com Modeller
5. I-TASSER para modelagem ab initio

## Estruturas 3D derivadas experimentalmente estão disponíveis em diferentes bancos de dados, como

1. RCSB PDB
2. EBI
3. PDBJ
4. PDBSUM

## Estruturas de alta qualidade derivadas computacionalmente também podem ser encontradas em

ALPHAFOLD

## Quando estruturas 3D não estiverem disponíveis nas fontes acima, podemos preparar estruturas usando modelagem por homologia com swissmodel. No entanto, precisamos da sequência de aminoácidos (FASTA) da proteína alvo. Geralmente, recuperamos a sequência do banco de dados UniProt. Nesse caso, devemos ter o ID UniProt da proteína alvo.