Vou analisar seus dados de metilação de DNA e epigenética
bioinformática
Sobre este Serviço
Eu analiso dados de epigenética: metilação de DNA (arrays ou sequenciamento bisulfito/enzimático), ChIP-seq e ATAC-seq, e transformo em resultados que você consegue interpretar e colocar em um artigo.
Para dados de metilação, trabalho tanto com dados baseados em array (Illumina 450k/EPIC) quanto com dados de sequenciamento (WGBS, RRBS, EM-seq), já que a abordagem de análise difere de forma significativa entre os dois, e te direi qual é relevante para o seu tipo de dado. Isso geralmente inclui controle de qualidade, normalização, análise de metilação diferencial entre grupos e anotação de regiões significativas para genes ou características genômicas.
Para ChIP-seq e ATAC-seq, o fluxo de trabalho cobre alinhamento de leituras, chamada de picos e análise de acessibilidade/binding diferencial, com visualização de trilhas de sinal e anotação de picos.
Em todos os casos, o resultado é feito para ser interpretável: gráficos claros, um resumo do que as regiões ou picos significativos realmente representam biologicamente, e documentação suficiente do método para que possa ir direto para uma seção de métodos.
Me envie uma mensagem com o seu tipo de dado e o desenho do estudo antes de fazer o pedido, assim posso confirmar o escopo e te dar um orçamento preciso.
Perguntas frequentes
Tradução automática
Que tipo de dados posso fornecer?
Você pode fornecer arquivos IDAT brutos ou matrizes de beta/M-value processadas. O fluxo de trabalho será ajustado de acordo.
Você processa arquivos IDAT brutos?
Sim, o pré-processamento está incluído no pacote.
Quais ferramentas você usa?
Eu uso principalmente pacotes padrão do R, como SeSAMe, DMRcate ou missMethyl
Você consegue lidar com desenhos experimentais complexos?
Sim. Posso acomodar múltiplas condições, covariáveis e contrastes, desde que sejam claramente definidos previamente.
A interpretação biológica está incluída?
A interpretação está incluída.
Meus dados são confidenciais?
Com certeza. Todos os dados são tratados como estritamente confidenciais e usados exclusivamente para o seu projeto. Assinatura de NDA está disponível mediante solicitação.

