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Vou analisar transcriptômica de RNA de célula única e multiômica
Bioinformática, Redação Científica e Análise de Dados
Sou biólogo e candidato a PhD com experiência em biologia molecular, bioinformática, análise de dados, P&D em biotecnologia, redação científica e suporte à pesquisa. Ajudo pesquisadores, estudantes, e...
Sobre este Serviço
Ajudo pesquisadores, estudantes e equipes de biotecnologia a analisar dados de transcriptômica, RNA de célula única e multiômica com resultados claros, reprodutíveis e biologicamente relevantes.
Posso trabalhar com RNA-seq em lote, RNA de célula única, matrizes de expressão gênica, conjuntos de dados GEO, tabelas de proteômica processada e outros conjuntos de dados biológicos que requerem expressão diferencial, agrupamento, genes marcadores, enriquecimento de vias ou descoberta de biomarcadores.
Dependendo do seu projeto, posso fornecer resumos de QC, PCA, UMAP, agrupamentos, gráficos de vulcão, heatmaps, análise de expressão diferencial, enriquecimento GO/KEGG, genes candidatos, interpretação biológica, código reprodutível em R/Python e um relatório estruturado.
Minha formação como biólogo e candidato a PhD me permite conectar resultados computacionais com o contexto biológico real, não apenas entregar gráficos ou tabelas.
Para arquivos FASTQ brutos, grandes conjuntos de dados de célula única ou projetos complexos de multiômica, entre em contato comigo antes de fazer o pedido para que eu possa revisar o tipo de dado, o desenho experimental e a viabilidade.
Domínio:
Outros
Especialidade:
Outros
Linguagem de programação:
Python
•
R
Ferramentas:
Outros
Tecnologia:
Python
•
R
•
caderno Jupyter
•
RStudio
Modelos e métodos:
Outros
Outros serviços de Ciência de dados e ML que eu ofereço
Perguntas frequentes
Tradução automática
Que tipo de dados de omics você pode analisar?
Posso trabalhar com RNA-seq em lote, RNA de célula única, matrizes de expressão gênica, conjuntos de dados GEO, tabelas de proteômica processada e outros conjuntos de dados biológicos, dependendo do formato e do objetivo.
Você analisa arquivos FASTQ brutos?
A análise de FASTQ bruto está disponível apenas após discussão, pois depende do tamanho do arquivo, número de amostras, necessidades de controle de qualidade e do pipeline necessário. Por favor, entre em contato primeiro.
Você pode trabalhar com conjuntos de dados públicos do GEO?
Sim. Posso ajudar a analisar conjuntos de dados públicos do GEO ou repositórios similares, se os dados estiverem disponíveis, bem anotados e adequados para a análise solicitada.
Você analisa dados de RNA de célula única?
Sim. Posso trabalhar com dados de RNA de célula única usando Seurat ou Scanpy, incluindo QC, agrupamento, UMAP, genes marcadores e interpretação biológica.
Você pode analisar dados de proteômica?
Sim, se você fornecer tabelas de abundância de proteínas processadas, tabelas de intensidade LFQ ou resultados de proteômica normalizados. Arquivos brutos de espectrometria de massa não estão incluídos como pacote padrão.
Você pode garantir genes significativos ou biomarcadores?
Não. Os resultados dependem do tamanho da amostra, qualidade dos dados, desenho experimental e sinal biológico. Eu forneço análise rigorosa, mas não posso garantir descobertas específicas.
O que você precisa para começar?
Preciso do seu conjunto de dados, metadados ou informações da amostra, rótulos de grupo, questão de pesquisa, resultados esperados e quaisquer ferramentas ou formatos preferidos.
Você fornece o código?
Sim. Dependendo do pacote, posso fornecer código reprodutível em R ou Python, scripts ou um notebook com o fluxo de análise.
Devo entrar em contato com você antes de fazer o pedido?
Sim. Projetos de bioinformática variam bastante, então é melhor revisar seu tipo de dado, desenho e entregáveis esperados antes de começar.
