Eu vou fornecer uma análise completa de genética de populações a partir de dados vcf

Eu vou fornecer uma análise completa de genética de populações a partir de dados VCF, usando métodos robustos e reprodutíveis para caracterizar a diversidade genética, padrões de neutralidade e estrutura populacional.

A análise padrão inclui:

• Estatísticas básicas de VCF e verificações de dados
• Heterozigose observada e esperada (Ho/He)
• Coeficiente de endogamia
• Diversidade de nucleotídeos (π; ao longo do genoma)
• Tajimas D (janelas fixas e não sobrepostas)

Complemento 1: Nível populacional

Permite análises em nível populacional usando um arquivo de mapeamento de amostra para população fornecido pelo cliente. Inclui métricas estratificadas por população, PCA (LD-pruned), ADMIXTURE (K=210, 3 réplicas por K, validação cruzada) e F_ST pairwise (ao longo do genoma).

Complemento 2: Janelas deslizantes

Expande a análise com métricas de janelas deslizantes ao longo do genoma para detectar padrões locais e janelas outlier. Inclui π em janelas deslizantes (com tamanho de passo) e Tajimas D em janelas fixas, com gráficos e resultados tabulados.

Bônus: Se ambos os complementos forem selecionados, o F_ST pairwise também será calculado em janelas deslizantes.

Notas: O arquivo VCF deve conter genótipos de amostra. Análises em nível populacional requerem um arquivo de mapeamento. O tamanho do dataset ( variantes, amostras, populações) é limitado pelo pacote selecionado. Outliers refe