Executarei simulações de dinâmica molecular amber com análise completa de trajetória

Sobre este serviço

Você está trabalhando em um sistema proteína-ligante e precisa de simulações de dinâmica molecular confiáveis e bem analisadas para sua pesquisa ou publicação? Ofereço serviços completos de simulação MD com AMBER, desde a preparação do sistema até figuras prontas para publicação, usando o mesmo pipeline utilizado em pesquisas revisadas por pares na descoberta de medicamentos computacional.

Sou pesquisador de biologia computacional com experiência prática em AMBER/AmberTools, cpptraj e fluxos de análise baseados em Python. Meu trabalho apoiou diretamente manuscritos enviados a periódicos revisados por pares em farmacologia computacional.

O que entrego

Configuração do sistema

Preparação da estrutura da proteína e atribuição do estado de próton

Parametrização do ligante usando antechamber

Solução (caixa de água TIP3P ou OPC), adição de contraíons

Atribuição do campo de força: ff19SB (proteína), GAFF2 (molécula pequena)

Minimização, aquecimento e equalização NPT/NVT

Execução de MD de produção

Trajetórias de produção de 10, 50 ou 100 ns (dependente do pacote)

Arquivos completos de trajetória .mdcrd entregues

Análise de trajetória (Padrão & Premium)

Figuras prontas para publicações completas

Por que trabalhar comigo?

Experiência real com amber, não uma ferramenta online ou wrapper na nuvem.