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Realizarei QC, trimming e alinhamento de dados NGS usando galaxy
Estudante de MPhil, especialista em Bioinformática e Descoberta de Drogas
Estudante de MPhil especializado em Bioinformática e Nanobiotecnologia.
Eu faço a ponte entre descoberta de medicamentos por computação e síntese em laboratório. Com experiência em Molecular Docking ...
Sobre este Serviço
Precisa de ajuda para processar seus dados brutos de sequenciamento NGS? Eu ofereço controle de qualidade confiável, trimming e alinhamento usando a plataforma Galaxy, para que você obtenha dados limpos e prontos para análise, sem precisar aprender toda a pipeline.
O que posso fazer:
Recuperar dados de sequenciamento do NCBI/SRA (fasterq-dump)
Executar FastQC para avaliação de qualidade
Realizar trimming e limpeza das leituras (Trimmomatic)
Alinhar as leituras a um genoma de referência (Bowtie2, HISAT2)
Fornecer um resumo claro dos resultados
Também trabalho com várias outras ferramentas do Galaxy além dessas, se seu projeto precisar de algo específico, envie uma mensagem primeiro e confirmarei se posso ajudar.
Estou no começo da minha jornada como freelancer, com experiência prática em QC, trimming e alinhamento de NGS, sendo uma ótima opção para projetos simples a um preço acessível.
Nota: Mais indicado para conjuntos de dados pequenos a médios (por exemplo, sequenciamento direcionado, experimentos de small RNA-seq). Para conjuntos de dados muito grandes, envie uma mensagem primeiro para confirmar a viabilidade.
Envie os detalhes do seu dataset (organismo, tipo de sequenciamento, tamanho do arquivo) antes de fazer o pedido, e eu confirmarei o prazo de entrega.
Meu portfólio
Perguntas frequentes
Tradução automática
Em qual formato devo enviar meus dados?
Arquivos FASTQ ou um número de acesso SRA, se seus dados estiverem disponíveis publicamente no NCBI.
Qual o tamanho de dataset que você consegue lidar?
Tenho melhor desempenho com conjuntos de dados pequenos a médios (por exemplo, sequenciamento direcionado, small RNA-seq). Para datasets maiores, envie uma mensagem primeiro para que eu possa confirmar a viabilidade, considerando os limites de armazenamento do servidor Galaxy.
Você fornece arquivos de saída brutos ou um relatório resumido?
Você receberá ambos — os arquivos de saída processados e um resumo claro explicando as métricas de qualidade e quaisquer problemas encontrados.
E se meus dados precisarem de uma ferramenta que não está listada no seu gig?
Envie uma mensagem com os detalhes antes de fazer o pedido — trabalho com várias outras ferramentas do Galaxy e posso confirmar se posso ajudar.
Você pode ajudar a interpretar os resultados, não apenas gerá-los?
Sim, posso incluir uma breve explicação do que os resultados de QC/alinhamento significam para seu dataset específico.
