Farei docking molecular e simulação md usando gromacs e autodock

Bem-vindo aos Serviços Profissionais de Docking Molecular & Simulação MD

Você está procurando por biologia estrutural rigorosa, de nível para publicação, e modelagem computacional para seu projeto de pesquisa? Eu me especializo em docking de proteínas com ligantes e simulações de dinâmica molecular (MD) de átomo completo usando ferramentas padrão da indústria.

Serviços Oferecidos

• Docking Molecular (AutoDock Vina):
• Preparação do alvo proteico e ligante (formatação PDB/SDF, átomos faltantes, cargas).
• Docking de alta precisão, análise de afinidade de ligação e classificação.
• Perfis de interação de resíduos em 2D e 3D (pontes de hidrogênio, contatos hidrofóbicos).

Simulação de Dinâmica Molecular (GROMACS):

• Configuração do sistema, solvatação, neutralização de cargas e geração do campo de força.
• Minimização de energia, equilíbrios NVT/NPT e execuções de produção (até 100 ns+).
• Análise de trajetória: RMSD, RMSF, Raio de Gyração, SASA e dinâmica de pontes de hidrogênio.

Entregáveis Prontos para Publicação:

• Figuras renderizadas em 3D de alta resolução (PyMOL / UCSF Chimera).
• Código fonte completo, arquivos de topologia/MDP e dados brutos de trajetória (.xtc, .tpr, .edr).
• Relatório analítico completo.