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Eu farei docking, triagem virtual e simulações de MD
Biólogo Molecular, Especialista em Simulações de MD e Docking Molecular
Sou um Biólogo Molecular especializado em bioinformática estrutural e Design de Drogas Assistido por Computador (CADD). Ofereço serviços completos de análise <em>in silico</em> para pesquisadores, est...
Sobre este Serviço
Eu forneço análise estrutural in silico e modelagem molecular computacional usando pipelines padrão de bioinformática.
Preparação da proteína alvo e validação da cavidade de ligação
Triagem virtual baseada em farmacóforo
Docking molecular (interações proteína-ligante / proteína-proteína)
Simulações de Dinâmica Molecular (MD) de 50ns a mais de 100ns
Análise de trajetória (RMSD, RMSF, Rg, SASA, ligações de hidrogênio)
Cálculos de energia livre de ligação (MM/PBSA)
Eu forneço todos os dados brutos de trajetória, arquivos CSV processados e arquivos de parâmetros exatos (.mdp, .conf) usados durante as simulações. Todas as análises são feitas usando pipelines totalmente documentados e reprodutíveis, para que você possa validar e replicar facilmente os resultados para suas publicações.
Precisa de um fluxo de trabalho personalizado para seu projeto? Cada alvo biológico tem requisitos diferentes, então envie-me uma mensagem com os detalhes específicos do seu projeto antes de fazer um pedido, para que possamos discutir os parâmetros técnicos exatos e os prazos de entrega para sua pesquisa.
Perguntas frequentes
Tradução automática
Que informações preciso fornecer para iniciar o projeto?
Você precisa fornecer o código PDB ou arquivo de estrutura cristalina do alvo. Para ligantes, envie estruturas químicas em SMILES, SDF ou formato PDB.
E se meu alvo não tiver uma estrutura cristalina experimental?
Posso fazer modelagem por homologia (usando Swiss-Model ou ferramentas similares) para prever a estrutura 3D do seu proteína antes de prosseguir com docking ou simulações de MD.
Você fornece os arquivos de trajetória brutos?
Sim. Como os arquivos de trajetória de MD (.xtc, .trr) costumam ser muito grandes (GBs), fornecê-los-ei via link de armazenamento em nuvem seguro. Todos os arquivos de parâmetros (.mdp) e topologias (.top, .itp) também serão incluídos para total reprodutibilidade.
Você pode fazer cálculos para resíduos não padrão ou íons metálicos?
Sim. Posso lidar com resíduos não padrão e sítios ativos contendo metais (formas Holo) gerando topologias específicas e realizando otimizações baseadas em DFT via ORCA quando necessário.
Os gráficos e renders são fornecidos em qualidade pronta para publicação?
Sim. Forneço renders de alta resolução (300-600 DPI) no PyMOL e gráficos de qualidade para publicação (via Matplotlib/Seaborn). Todas as visualizações são formatadas para atender aos padrões de principais periódicos científicos.
Você consegue fazer simulações de longo prazo além de 200ns?
Sim, posso fazer simulações de escala de microssegundos. No entanto, como essas exigem recursos computacionais e tempo consideráveis, envie-me uma mensagem primeiro para uma oferta personalizada, assim podemos planejar o cronograma e a alocação de recursos adequadamente.
