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Farei docking molecular e simulações de MD para descoberta de medicamentos
Ali Hamza
Sobre este Serviço
Tradução automática
Você quer acelerar seu pipeline de descoberta de medicamentos ou obter insights estruturais profundos sobre interações proteína-ligante?
Ofereço serviços de química computacional de alta precisão e modelagem molecular, feitos sob medida para pesquisadores, acadêmicos e startups farmacêuticas. Utilizando fluxos de trabalho validados em design de medicamentos baseado em estrutura (SBDD) e baseado em ligantes (LBDD), entrego resultados reprodutíveis e prontos para publicação.
Meus Serviços Técnicos Incluem:
- Docking Molecular: Mapeamento de sítio ativo e avaliação de afinidade de ligação usando AutoDock Vina e Material Studio.
- Triagem Virtual: Triagem de alto throughput de grandes bibliotecas de ligantes ou pequenas moléculas.
- Otimização Química Quântica: Otimização geométrica e cálculos eletrostáticos usando Gaussian.
- Previsão de ADMET: Avaliação in silico de farmacocinética e potencial de droga (Regra de Lipinski).
- Simulações de MD: Acompanhamento dinâmico de estabilidade estrutural, RMSD, RMSF e análise de ligações de hidrogênio ao longo do tempo.
- Visualização: Figuras 3D de alta resolução renderizadas via PyMOL.
O Que Você Receberá:
- Todos os arquivos de dados brutos (.pdb, .pdbqt, .sdf, .mol2 e logs/trajetórias).
- Gráficos estruturais de alta resolução, de qualidade para publicação.
- Um relatório completo
Conheça mais sobre Ali Hamza
Ali Hamza
Molecular Docking ,Drug Discovery and Molecular Simulations Expert
- A partir dePaquistão
- Membro desdejun. de 2026
Idiomas
Inglês
Computational Chemist (SBDD), (LBDD), and molecular dynamics (MD) simulations.
I help researchers, pharma startups, and academics accelerate their drug discovery pipelines by providing high-precision in silico screening and structural analysis.
Core Expertise:
Molecular Docking: Protein-ligand, protein-protein, and virtual screening of massive compound libraries.
Molecular Dynamics (MD).
ADMET Prediction: In silico evaluation of pharmacokinetics, toxicity, and drug-likeness (Lipinski’s Rule of 5).
Tools:
Docking: AutoDock Vina ,Material Studio , Gaussian
Visualization & Analysis: PyMOL.
Tradução automática
Perguntas frequentes
Tradução automática
Quais arquivos ou dados de entrada você precisa de mim para começar o projeto?
Para a proteína alvo, preciso do ID PDB ou de um arquivo .pdb/.cif otimizado. Para os ligantes, você pode fornecer nomes químicos, strings SMILES, CIDs do PubChem ou estruturas em formatos .sdf ou .mol2. Se o sítio de ligação for conhecido, compartilhe os resíduos específicos do sítio ativo ou as coordenadas da caixa de grade.
Quais ferramentas de software especializadas e frameworks computacionais você usa?
Utilizo ferramentas padrão da indústria para máxima reprodutibilidade: AutoDock Vina e Material Studio para docking molecular preciso e triagem virtual; Gaussian para otimizações químicas quânticas ou DFT de ligantes; e PyMOL junto com Discovery Studio para análise visual 3D de alta resolução e interação.
Os arquivos de dados brutos de trajetória e análise estão incluídos na entrega?
Sim. Junto com um relatório de análise escrito completo contendo figuras estruturais e gráficos de dados, fornecerei todos os outputs brutos — incluindo poses dockadas (.pdbqt / .pdb), topologias parametrizadas e dados de simulação — para que você possa verificar ou continuar o workflow localmente.
Você pode realizar simulações de Dinâmica Molecular (MD) em grandes complexos ou sistemas personalizados?
Sim, posso configurar simulações para complexos padrão de proteína-ligante. No entanto, para proteínas de membrana, interfaces massivas de proteína-proteína ou solicitações de timelines longas (>50 ns), entre em contato comigo primeiro para que possamos estimar adequadamente as necessidades de parametrização estrutural e execução computacional.
Os gráficos estruturais e os gráficos de dados serão adequados para publicações de pesquisa?
Com certeza. Os gráficos de visualização molecular 3D gerados via PyMOL são renderizados em alta resolução, qualidade de alta DPI, adequados para publicações em periódicos revisados por pares, submissões de teses ou propostas de financiamento acadêmico.
