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Farei análise de bioinformática rnaseq e chamada de variantes
Especialista em Bioinformática e Análise de Dados, Python, BLAST, ML
Sou estudante de Bioinformática na NUST Islamabad, com experiência prática em análise de sequências, estrutura de proteínas, filogenia e processamento de dados com Python. Ajudo pesquisadores, estudan...
Sobre este Serviço
Tem dados de sequenciamento e não tem tempo de montar o pipeline sozinho? Eu vou pegar suas leituras brutas e transformá-las em resultados limpos e interpretáveis que seu PI ou colaboradores podem realmente usar.
Sou estudante de Bioinformática na NUST Islamabad, com experiência prática em pipelines de sequenciamento de leitura longa (PacBio HiFi), chamada de variantes com GATK e Clair3, benchmarking contra conjuntos de verdade GIAB, e análise de dados genômicos usando Python e bash. Trabalhei em um laboratório de pesquisa em genômica de câncer e sei como é uma saída de qualidade para publicação.
O que posso fazer por você:
Chamada de variantes com alinhamento WGS usando minimap2/BWA, detecção de variantes com GATK HaplotypeCaller ou Clair3, filtragem e anotação de VCF, benchmarking com hap.py
Expressão diferencial de RNA-seq com matriz de contagem DESeq2 ou edgeR, gráficos de volcano, heatmaps, enriquecimento de vias
Metagenômica / pipeline de amplicon 16S QIIME2, diversidade alfa/beta, gráficos PCoA, gráficos de barras taxonômicas
Visualização genômica com screenshots do IGV, gráficos de cobertura, figuras prontas para publicação em 300 DPI
O que você me envia: FASTQ, BAM, VCF, matrizes de contagem ou número de acesso GEO / SRA. Trabalho com dados de Illumina, PacBio e Nanopore.
O que você recebe de volta: Arquivos de saída limpos, reproduzíveis
Domínio:
Outros
Especialidade:
Classificação
•
agrupamento
•
Análise preditiva
•
Outros
Linguagem de programação:
Python
•
R
•
SQL
•
Colab
•
JAVA
Ferramentas:
caderno Jupyter
•
Outros
Tecnologia:
Python
•
R
•
caderno Jupyter
•
Pandas
•
RStudio
Perguntas frequentes
Tradução automática
Não tenho certeza de qual análise preciso. Você pode me ajudar a descobrir?
A: Com certeza — basta me enviar uma mensagem com seu tipo de dado (FASTQ, BAM, matriz de contagem, etc.) e sua pergunta de pesquisa. Eu te direi exatamente qual pacote se encaixa e como será o resultado antes de você fazer o pedido.
Quais arquivos preciso enviar?
A: FASTQ, BAM, VCF ou matrizes de contagem funcionam diretamente. Se seus dados estiverem no NCBI GEO ou SRA, envie apenas o número de acesso — eu faço o download. Para arquivos grandes, podemos usar Google Drive ou um link compartilhado.
Você trabalha com dados Illumina, PacBio e Nanopore?
A: Sim, para todos os três. Tenho experiência prática com dados de leitura longa PacBio HiFi especificamente, além de pipelines padrão de leitura curta Illumina para RNA-seq e WGS.
Vou conseguir reproduzir seus resultados?
A: Sim. Cada pedido inclui scripts completos em bash/Python com comentários, para que você ou seu laboratório possam rerodar a análise a qualquer momento.
Posso usar suas figuras no meu artigo ou tese?
A: Sim — todas as figuras são entregues em 300 DPI nos formatos PNG ou PDF, prontas para publicação em qualquer revista.
Como faço para enviar dados confidenciais ou não publicados?
Eu trato todos os dados do cliente como estritamente confidenciais e não compartilho nem retenham após a entrega. Se precisar de assinatura de NDA, envie uma mensagem antes de fazer o pedido.
