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Vou analisar dados de metagenômica shotgun
Análise estatística e bioinformática para biólogos
Sou biólogo e pesquisador especializado em análise estatística, bioinformática, microbiologia e ecologia microbiana. Trabalho com R, DADA2, QIIME2, Phyloseq e QGIS para analisar dados biológicos e amb...
Sobre este Serviço
Precisa de ajuda para analisar dados de metagenômica shotgun? Posso te ajudar a processar, montar, analisar, visualizar e interpretar seus conjuntos de dados metagenômicos.
Tenho experiência prática analisando metagenomas shotgun usando fluxos de trabalho de bioinformática estabelecidos, incluindo MEGAHIT, metaSPAdes, SqueezeMeta e R.
Posso ajudar com:
Controle de qualidade e pré-processamento
Montagem de metagenoma
Perfil taxonômico e composição da comunidade
Perfil funcional e anotação
Abundância e análise comparativa
Análise estatística e abundância diferencial
Visualizações de qualidade para publicação
Interpretação biológica
Fluxos de trabalho de análise reprodutíveis
Seleciono o fluxo de trabalho de acordo com sua questão de pesquisa, dados de sequenciamento, desenho experimental e metadados.
Por favor, entre em contato comigo antes de fazer o pedido se você não tiver certeza de qual pacote ou fluxo de trabalho é adequado para seu conjunto de dados.
Perguntas frequentes
Tradução automática
Que tipos de dados de metagenômica você pode analisar?
Posso trabalhar com conjuntos de dados de metagenômica shotgun para análises taxonômicas, funcionais, de abundância, estatísticas e comparativas. Por favor, entre em contato antes de fazer o pedido para que eu possa revisar seu conjunto de dados e objetivos.
Você consegue analisar arquivos FASTQ brutos?
Sim. Dependendo do pacote, posso trabalhar com arquivos FASTQ brutos e realizar avaliação de qualidade, pré-processamento, montagem e análise de metagenoma downstream.
Você pode montar meu metagenoma?
Sim. Posso realizar montagem de metagenoma usando MEGAHIT ou metaSPAdes, dependendo das características do conjunto de dados e dos objetivos da análise.
Você usa SqueezeMeta?
Sim. SqueezeMeta é um dos fluxos de trabalho que uso para análise integrada de metagenômica. Também posso usar MEGAHIT ou metaSPAdes para montagem e ferramentas complementares quando apropriado.
Você pode realizar perfil funcional ou anotação?
Sim. Perfil funcional e anotação podem ser incluídos dependendo do conjunto de dados, questão de pesquisa e pacote selecionado. O fluxo de trabalho e as ferramentas específicas serão determinados de acordo com os requisitos do projeto.
Você pode analisar abundância diferencial?
Sim, quando o desenho experimental, metadados, tamanho da amostra e estrutura dos dados suportarem uma análise de abundância diferencial adequada.
Você consegue criar figuras de qualidade de publicação?
Sim. Dependendo do pacote, posso criar figuras de qualidade para publicação de composição taxonômica, abundância, perfis funcionais, comparações estatísticas e outros resultados metagenômicos apropriados.
Você pode me ajudar a escolher o fluxo de trabalho de metagenômica adequado?
Sim. Posso revisar sua questão de pesquisa, informações de sequenciamento, metadados, desenho do estudo e dados disponíveis e recomendar um fluxo de trabalho de análise adequado.
